Puis-je utiliser des logos différents selon les articles ?

Réponse courte : Oui. Vous pouvez charger autant de logos que vous voulez et en attribuer un différent à chaque article, librement.

Cas d'usage courants

une section, une équipe ou un service de votre organisation a son propre logo ;
les articles féminins ou juniors portent une déclinaison différente ;
un logo sponsor sur certains articles seulement ;
un logo pour les articles clairs et un autre pour les articles profonds (voir Fond clair ou fond profond — que dois-je choisir).

Importez chaque logo séparément depuis l'onglet Mes logos — voir Comment importer mon logo.
Donnez-leur des noms courts et distincts (« Logo Rouge », « Logo Section Jeunes »…) : c'est ce qui vous permettra de les retrouver vite.
Sur un brouillon de la boutique, cliquez sur l'article dans sa collection pour ouvrir sa configuration, puis, en face de l'emplacement voulu, cliquez sur la vignette du logo à poser — voir Comment mettre mon logo sur un article. Tous vos logos sont proposés sur chaque article : rien ne les lie entre eux.

Beaucoup d'organisations ne réalisent pas que c'est possible et se limitent à un seul logo pour toute la boutique.

Vous saurez que c'est bon quand : Chaque article porte le logo que vous lui avez attribué, indépendamment des autres.